Le projet entrepreneurial et humain d'Agronutris est très ambitieux, et il se construit pas à pas, parfois plus lentement qu'on le souhaiterait, ce qui peut engendrer de la frustration.
L'horizontalité et l'absence de hiérarchie fait qu'il est parfois nécessaire de faire preuve de force de conviction pour faire valider un projet ou une décision par le collectif. Ce mode de fonctionnement peut léser des personnes compétentes mais peu habituées à "vendre" leurs idées.